É muito frequente que ambos termos, fecundação e fertilização sejam tratados como sinônimos, inclusive na literatura médica, porém não são. Muitos professores também confundem estes termos, entrando em contradição quando se faz necessário explicar se são diferentes ou não.
A diferença existe sim.
A fecundação (latim fecundatione) é simplesmente o momento em que há o encontro espermatozóide (gameta masculino) com o ovócito (gameta feminino). Já a fertilização é quando o óvulo se torna capaz de gerar uma vida, ou seja, após o encontro com o espermatozóide houve a fecundação, se tudo ocorrer normalmente e as divisões celulares se iniciarem para formar um novo organismo, então ocorreu a fertilização.
Porém, nos vestibulares e ENEM estes termos são utilizados de formas diferentes, sendo a fecundação para definir o encontro dos gametas e fertilização para definir os processos artificiais na geração de um novo indivíduo. [Fonte].